Luzulo-Fagetum típusú bükkerdők
A mészkerülő bükkösök Európában széles elterjedésűek, országunkban is jelen vannak a domb és hegyvidéken. A mészkerülő bükkösök domináns faja a bükk (Fagus sylvatica), a gyepszinten pedig a következő fajok a leggyakoribbak: fehér perjeszittyó (Luzula luzuloides) és fekete áfonya (Vaccinium myrtillus).
Romániában 78 db Natura 2000 területen jelölő élőhely a mészkerülő bükkös (Luzulo-Fagetum).
A domináns bükk mellett a lombkoronaszintben található még gyertyán és kocsánytalan tölgy is. A gyepszint fajgazdag, nagyszámú ritka növénnyel: enyves aszat (Cirsium erisithales), zöldvirágú körtike (Pyrola chlorantha), havasalji rózsa (Rosa pendulina).
A mészkerülő bükkösök a védett területen általános elterjedésűek, nem függenek tengerszint feletti magasságtól vagy kitettségtől. Az össszterületből 6,49 ha nagyságú részt foglalnak el, ehhez még hozzáadódnak a szubmontán és montán bükkösökkel alkotott elegyerdők, melyek területe 82,4 ha. A Csomád-Bálványos Natura 2000 összterületéből ez 11-12%-ot jelent.

Galio-Carpinetum típusú gyertyános tölgyesek
A Galio-Carponetum gyertyános-tölgyesek közép-kelet európai elterjedésűek. Romániában a dombvidéken találhatóak meg, a tölgy a domináns faj, gyertyánnal és bükkel elegyedve. Karakterfajok: kocsánytalan tölgy (Quercus petraea), gyertyán (Carpinus betulus), barkócafa (Sorbus torminalis), házi berkenye (Sorbus domestica), mezei juhar (Acer campestre), fagyal (Ligustrum vulgare), gyöngyvirág (Convallaria majalis).
Romániában a Kárpátokban szórványosan található meg, savas talajokon, 300-800 tengerszint feletti magasságok között.
A Csomád-Bálványos Natura 2000 területen kisebb tengerszint feletti magasságokon található meg, a terület délkeleti részein. Az élőhely kiterjedése 979,1 ha, az összterületből 16%.

Szubmontán és montán bükkösök Asperulo Fagetum
A közép-európai erdők nagy fajgazdagsággal jellemezhetőek, de általában nem találunk bennük ritka fajokat. A bükkel elegyedve gyakran megjelenik a gyertyán, alacsonyabb tengerszint feletti magasságon pedig a tölgy. A gyepszintet a következő fajok képviselik: berki szellőrózsa (Anemone nemorosa), sárga árvacsalán (Lamium galeobdolon), szagos müge (Galium odoratum). A szubmontán és montán bükkösök semleges talajokat kedvelnek, tápanyagokban gazdag humusszal.
Az élőhelytípus Romániában 300-1000 m között fordul elő a Kárpátokban, 73 Natura 2000 területen jelölő élőhely.
A Csomád-Bálványos Natura 2000 területen 800-1000 m közötti tengerszint feletti magasságon található meg, a terület központi részén. Összterülete 1288 ha, amelyhez a Luzulo-Fagetum és Symphyto-Fagion élőhelyekkel alkotott elegyek is hozzáadódnak (222 ha). A Csomád-Bálványos Natura 2000 összterületből 24-26%-ot foglalnak el.

Dák bükkerdők – Symphito Fagion
A dák bükkerdők egy endémikus élőhelytípus. A Kárpátokban a legkarakterisztikusabb erdőtípus, mivel csak itt található meg nagy kiterjedésben. Semleges, bázikus és savas talajon egyaránt előfordulnak. Romániában a Kárpátok egész területén előfordul, 900-1400 m tengerszint feletti magasságok között. Összesen 64 Natura 2000 területeten jelölő élőhely.
A bükkösök közül a legmagasabban előforduló élőhelytipus, 900 m alatt nem találkozhatunk ezzel a típussal. A lombkoronaszint ritkásabb, a gyepszintben a következő fajok jellemzőek: szívlevelű nadálytő (Symphytum cordatum), ikrás fogasír (Cardamine glanduligera), pávafarkú salamonpecsét (Polygonatum verticillatum), vörös tüdőfű (Pulmonaria rubra).
A Csomád-Bálványos Natura 2000 terület középső és nyugati részén található. Ezek mellett alacsonyabb tengerszint feletti magasságon található egy-két sziklaerdő. Az élőhely kiterjedése 334 ha, amelyhez hozzáadódnak a lucfenyőkkel és az Asperulo-Fagetummal alkotott elegyerdők. Ezek összterülete 116 ha. A Csomád-Bálványos Natura 2000 területből 7-8 %-ot foglal el ez a típusú élőhely.

Erdei növényzetű tőzegtelepek, láperdők
A láperdők nagyon ritka élőhelytípusok, szigetes elterjedésűek, sok reliktumfajjal.
A Csomád-Bálványos Natura 2000 területen három helyen azonosították az élőhelyet: a Buffogó-tőzeglápban, és két helyen a Jajdon völgyében, az Égetett patak mentén.
A Buffogó-tőzegláp a legnagyobb méretű a három folt közül. Közepe tőzegmohás átmeneti láp, melyet nagy és egyenletes tőzegmoha foltok alkotnak, kisebb víztükrökkel tarkítva. A szélek fele beerdősödő mocsár növényzet van. Szárazabb, árnyékos foltok is találhatóak, melyeket a nyír (Betula pendula, Betula pubescens) és a hamvas éger jelenléte (Alnus incana) okoz.
Az Égetett-patak mentén kisebb méretű tőzeglápokat találunk. A jellegzetes fajok a következőek: közönséges nyír (Betula pendula), tőzegmohák (Sphagnum sp.), Carex brizoides, Pyrola minor, fekete áfonya (Vaccinium myrtillus), vörös áfonya (Vaccinium vitis-idaea), kutyabenge (Frangula alnus), gyertyán (Carpinus betulus), szibériai hamuvirág (Ligularia sibirica).
Az összterület nagysága 1,14 ha, amely a védett terület 0,02 %-a.
A tőzeglápok nagyon sérülékenyek, több veszélyeztető tényező hathat rájuk: a víz minőségének leromlása, taposás, fa kitermelés, invazív fajok megjelenése.
